瓊脂糖（Agarose）是純化的線性半乳聚糖親水膠體，提取自瓊脂或者含瓊脂的海藻，結構上是一種線性聚合物，由β-D-吡喃半乳糖（1-4）連接3,6-脫水α-L-吡喃半乳糖基構成。作為一種凝膠試劑，常用于通過凝膠電泳或者印跡法（如Northern或Southern）來進行日常核酸分析，也適用于蛋白應用，如輻射狀免疫擴散（RID）實驗。

瓊脂糖的基本參數，包括：

1）硫酸鹽含量（sulfate content）——純度指標，因為硫酸根是存在瓊脂糖內的主要離子基團；

2）凝膠強度（gel strength）——施加于凝膠使之斷裂的外力；

3）膠凝點（Gel point）——水溶性瓊脂糖溶液冷卻后形成凝膠時的溫度。液體向凝膠轉化的過程中，瓊脂糖溶液具有滯后性，因此，膠凝點不等同于膠熔點。

4）電滲（EEO）——液體穿透凝膠的一種電動運動。瓊脂糖凝膠內的陰離子基團吸附在基質上不會發生遷移，但是解離的陽離子就會朝負極遷移，從而產生電滲。由于生物聚合物的電泳遷移通常是朝負極運動，則EEO產生的內部對流會干擾分離效率。

瓊脂糖是一種有機物，化學式C24H38O19，是一種白色或黃色珠狀凝膠顆粒或粉末，為線性的多聚物，基本結構是1,3連結的β-D-半乳糖和1,4連結的3,6-內醚-L-半乳糖交替連接起來的長鏈。
瓊脂果膠是由許多更小的分子組成的異質混合物。瓊脂糖在水中一般加熱到90℃以上溶解，溫度下降到35-40℃時形成良好的半固體狀的凝膠，這是它具有多種用途的主要特征和基礎。瓊脂糖凝膠性能通常用凝膠強度表示。強度越高，凝膠性能越好。

性能：
瓊脂糖在水中一般加熱到90℃以上溶解，溫度下降到35-40℃時形成良好的半固體狀的凝膠，這是它具有多種用途的主要特征和基礎。瓊脂糖凝膠性能通常用凝膠強度表示。強度越高，凝膠性能越好。質量較好的瓊脂糖強度通常在1200克/cm2以上（1%膠濃度）。瓊脂糖的凝膠性是由存在的氫鍵所致，凡是能破壞氫鍵的因素都能導致凝膠性的破壞。瓊脂糖具有親水性，并幾乎*不存在帶電基團，對敏感的生物大分子極少引起變性和吸附，是理想的惰性載體。在瓊脂糖制備過程中需要把瓊脂果膠盡量去除，否則瓊脂糖有可能存在極微量硫酸根和丙酮酸取代電離基團，就會造成電內滲（EEO），電內滲對質點的移動產生影響。質量較好的瓊脂糖硫酸根含量比較低，通常在0.2%以下，電內滲比較小，通常在0.13以下。這也就是瓊脂糖比瓊脂貴那么多的原因了。
1937年荒木第一次從瓊脂中分離出瓊脂糖，但直到1961年Hjertin首先發現了瓊脂糖優異的使用性能后才引起了越來越多的關注，并開始工業生產。瓊脂糖廣泛應用于臨床化驗、生化分析和生物大分子物質的分離等領域。

用途：
瓊脂、瓊脂糖因為有特殊的膠凝性質，尤其有顯著的穩固性、滯度和滯后性，并且易吸收水分，有特殊的穩定效應；已經廣泛使用于食用、醫藥、化工、紡織、國防等領域，據不*統計，瓊脂、瓊脂糖的用途已有1000多種，被國際上稱為“新奇的東亞產品"。在食品工業中可用于生產：水晶軟糖、定型軟糖、水產品、肉類罐頭、果汁飲料、果肉飲料、米酒飲料、乳品飲料、精品、乳品蛋糕。
由于其良好的生物相容性又廣泛用于生物分離介質的生產。